Poradce prezidenta republiky Michal Petřík se v článku v Lidových novinách (Fakta o církevním zákoně, LN 14.12.) ve své obhajobě novely církevního zákona v reakci na kritiku, kterou vyslovila europoslankyně a bývalá senátorka Zuzana Roithová, dopouští řady nepřesností, které mohou vyvolat představu, že novela napravuje předchozí pochybení církevního zákona.
Především není pravdou, že „každá právnická osoba musí být zapsána do obchodního nebo jiného rejstříku a organizace nebo instituce, která by nebyla do příslušného rejstříku zapsána, by nemohla být právnickou osobou podle českého právního řádu“. Občanský zákoník stanoví zápis do rejstříku jako podmínku pro vznik právnických osob ovšem pouze „pokud nestanoví zvláštní zákona pro jejich vznik jinak“. Jiným zákonem může být Listina základních práv a svobod nebo církevní zákon, který by stanovil, že zařízení církví vznikají dnem rozhodnutí církve nebo náboženské společnosti o jejich založení. Praktickým příkladem nepravdivosti tvrzení pana Petříka o vzniku každé právnické osoby zápisem do příslušného rejstříku je existence organizačních jednotek občanských sdružení s právní subjektivitou, která vznikají v souladu se zákonem o sdružování občanů z vůle občanského sdružení, jsou právnickými osobami a nezapisují se do žádného rejstříku ani evidence. Podle údajů ČSÚ je organizačních jednotek sdružení více než třicet tisíc.
Novela církevního zákona neupřesňuje podmínky pro evidenci zařízení církví, ale zavádí jejich registrační princip, neboť stanoví, že zařízení církví se stávají právnickými osobami, tedy vznikají, provedením evidence – rozumí se zápisem do rejstříku vedeného ministerstvem kultury. Činí tak přesto, že Ústavní soud v odůvodnění svého nálezu, kterým zrušil jako nezákonná některá ustanovení církevního zákona, uvádí jako odporující čl. 16 Listiny základních práv a svobod podmiňování vzniku církevních právnických osob evidencí prováděnou ministerstvem.
Pan Petřík se hluboce mýlí i ve svém závěru, že „touto novelou se zrovnoprávní podmínky pro fungování církevních a světských institucí vykonávajících stejnou nebo obdobnou činnost.“
Ministerstvo kultury se při zpracování novely zákona zcela evidentně inspirovalo zákonem o obecně prospěšných společnostech. Zařízení církví se novelou skutečně přibližují postavení obecně prospěšných společností s tím rozdílem, že ve věcech obecně prospěšných společností rozhoduje nezávislý soud. Novela církevního zákona např. stanoví povinný obsah stanov zařízení církví do takových podrobností jako jsou podmínky pro poskytování obecně prospěšných služeb a stanoví povinnost zařízení církví vydávat výroční zprávu s povinným obsahem. Za pozornost stojí novelou nově stanovená, a to v rozporu se zásadou z Listiny vyplývající vnitřní autonomie církví, pravomoc ministerstva kultury z vlastního podnětu rozhodovat o zrušení zařízení církve pokud nebudou ustaveni členové jeho statutárního orgánu, kterým skončilo funkční období před více než rokem nebo pokud nebude po dobu delší než jeden rok poskytovat služby uvedené v zakládací listině. U obecně prospěšných společností jsou takové důvody zrušení stanoveny rovněž, avšak o zrušení rozhoduje soud nikoliv z vlastního podnětu, ale na návrh, a může před rozhodnutím o zrušení stanovit lhůtu k odstranění příčiny, pro kterou je navrhováno zrušení obecně prospěšné společnosti.
Většina „světských institucí vykonávajících stejnou nebo obdobnou činnost“ jsou občanská sdružení (cca 90% neziskových organizací). Pro jejich fungování zákon prakticky nestanoví omezující podmínky, nemají žádnou povinnost vydávání výroční zprávy, právní existenci sdružení neovlivňuje, zda jsou zvoleny orgány nebo zda sdružení je po nějakou dobu nečinné. U občanských sdružení neexistuje žádný veřejný rejstřík, registrujícímu orgánu nejsou známy ani osoby, které jsou statutárním orgánem.
Když byl v květnu 2000 Poslaneckou sněmovnou zamítnut návrh zákona o spolcích, kterým měla být zavedena pro občanská sdružení některá přísnější pravidla např. veřejný rejstřík s povinnými údaji, povinnost vydávat výroční zprávu pro sdružení, která mají dotace z veřejných rozpočtů, bylo jedním z nejsilnějších argumentů poslanců proti tomuto zákonu to, že nelze omezovat svobodu sdružování občanů, zaručenou Listinou základních práv a svobod. Novelu církevního zákona, která zasahuje do jiného Listinou zaručeného práva tj. práva církví svobodně zřizovat své instituce, schválila většina poslanců, aniž je omezování tohoto práva zneklidnilo. Takže jedno Ústavou zaručené právo nelze omezovat a jiné omezit lze. V demokracii však musí být chráněna všechna Ústavou i Listinou zaručená práva. Ačkoliv by se demokracii neměly dávat přívlastky, napadá mne nad přístupem Poslanecké sněmovny a následně i pana prezidenta k novele církevního zákona označení „účelová demokracie“, s níž se však nesmíme smiřovat, protože může ohrozit každého z nás.