Evropský parlament doslova "odmítl" návrh Evropské rady z prosince 2005 o rozpočtu Unie na léta 2007-2013. Hlasování bylo pět ku jedné a tak bude pokračovat až do jarních měsíců jednání o změnách o sedmiletém rozpočtu. Zuzana Roithová vyjádřila své obavy z tohoto postupu ještě před hlasováním uvnitř lidovecké frakce a to s ohledem na čas a také nejasný mandát pro vyjednavače. Obává se, narozdíl například od polských poslanců, že pětadvacítka nebude ochotna rozpočet navýšit, jak si parlament správně přeje pro financování společných zejména výzkumných evropských programů. Evropský parlament již v červnu navrhl vyšší rozpočet - 975 miliard € (1,18 % HND), zatímco Rada jej snížila na 862 miliard € neboli 1,045 % HND. Parlament však zejména usiluje o modernizaci struktur tak, aby bylo více na společné evropské programy zejména pro vzdělávání a výzkum a méně na zemědělskou politiku. Bohužel politická realita v EU je dnes jiná. Roithová se vážně obává, že k navýšení již nedojde, ale může dojít i ke zhoršení prosincové dohody na úkor nových členských zemí. "V každém případě ztratíme několik měsíců, které hrají roli v přípravě kvalitních projektů." Roithová nyní usiluje o vytvoření společné pozice poslanců z nových členských zemí pro tzv. pojistku. Jde o formulování "tabu" například pro již dojednané objemy strukturálních fondů a další parametry, které by parlamentní vyjednavače limitovaly při jednáních s Radou. Roithová a také slovenští poslanci se obávají, že by parlament mohl být postaven v dubnu před hlasování o nové podobě rozpočtu, který by nemusel být lepší, než dojednala česká diplomacie, ale který by nebylo možné již z časových důvodů v parlamentu odmítnout, protože rozpočtové provizorium by umožnilo České republice získat jen zlomek prostředků, které jsou dnes dojednány.